Shinkansen
Shinkansen hoạt động giao thông đường dài tại Nhật, đây là một trong những hệ thống tàu cao tốc nhanh nhất thế giới.
Có thể chạy tốc độ tối đa lên đến 300 km/giờ dù trong một môi trường động đất và bão táp.
Ưu điểm: Shinkansen được biết đến là rất đúng giờ và an toàn, không có xảy ra tai nạn.
Nhược điểm: Shinkansen có điểm hạn chế là giá cả khá đắt đỏ.
Tàu điện
Tàu điện là phương tiện giao thông được ưa chuộng nhất tại Nhật.
Ưu điểm: Với mạng lưới đường ray phủ khắp cả nước, dễ dàng di chuyển đến nơi muốn đến, cực kỳ chính xác về thời gian.
Nhược điểm: Điểm hạn chế là rất đông và hay chen chúc, không thể chạy vì mưa bão, tuyết đóng.
Xe đạp
Xe đạp là một phương tiện rất phổ biến cho sinh viên, nhân viên công sở ở Nhật. Ở Nhật, xe đạp được phép chạy trên đường dành cho người đi bộ với tốc độ chậm.
Nhược điểm: Chỉ phù hợp với mục đích di chuyển trên đoạn đường ngắn.
Xe buýt
Xe buýt là phương tiện giao thông công cộng rẻ nhất, không chỉ có giá vé tương đối thấp và ghế ngồi rộng rãi mà còn hoạt động cả ban đêm.
Nhược điểm: cũng có trường hợp xe đến muộn do mưa bão, tuyết rơi hoặc kẹt xe.
Taxi
Taxi là phương tiện di chuyển đắt nhất tại Nhật. Là lựa chọn tiện lợi nhưng lại là phương tiện công cộng đắt đỏ nhất. Taxi ở Nhật có chi phí cao gần nhất thế giới, đôi khi, nhiều tài xế còn khuyên các du khách nên đi tàu vì nếu không họ sẽ rất sốc khi trả tiền theo đồng hồ kilomet. Vào buổi tối, phí taxi có thể tăng lên 20%.
Máy bay
Trong nội địa, nhiều hãng hàng không giá rẻ như Peach Air hay Jetstar thường có những đường bay giá rẻ di chuyển giữa các thành phố lớn của Nhật Bản như Osaka hay Tokyo lên các vùng như Hokkaido hay Okinawa. Giá vé máy bay nội địa khứ hồi ở Nhật đôi khi còn rẻ hơn một tấm vé Shinkansen một chiều lẻ.
Nhược điểm: Điểm hạn chế của việc bay nội địa là các hãng giá rẻ thường không cho nhiều hành lí và không có bữa ăn trên máy bay.